¿Innato o adquirido?

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Anibal Smith pregunta en un comentario:

¿Te puedo proponer una duda? Es sobre "nato" e "innato". Yo diría que se suelen oir y usar a veces como antónimos, quizá por la "i(n)" inicial [feliz-infeliz, cauto-incauto]... ¿Pero vienen a ser lo mismo no? Y ¿la persona es nata y su cualidad es la que es innata?
Por ejemplo: Iniesta es un jugador de fútbol nato, y su manera de regatear es innata.
Ahí, ambas palabras se refieren a que es algo suyo propio, de nacimiento, intrínseco, ¿no?

Una rápida búsqueda en el diccionario aclara que ambas palabras tienen prácticamente el mismo significado.

Nato: “Se dice de las aptitudes, cualidades y defectos connaturales”.
Innato: “Connatural y como nacido con la misma persona”.

Para entender cual es el misterio de estas dos palabras, que podrían parecen antónimas y sin embargo no lo son, lo mejor es ver otro caso parecido: inflamar.
El prefijo in- suele indicar negación, como en incondicional, inapetente o insólito. Sin embargo, en algunas palabras puede tener otro significado de origen latino: en
Inflamable e innato son buenos ejemplos. Inflamable vendría a significar "en llama" ("in flamma"). Innato tres cuartos de los mismo, proviene del latín innātus, el participio pasado de innasci (“nacer en” o "en el nacimiento"). Invicto seguramente es una palabra con etimología similar que equivaldrá a “en la victoria”.